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PHYLIP软件是一个免费的集成的进化分析工具，有华盛顿大学遗传学系Joseph felsenstein 编写，1980年首次释放，目前已经升级到3.6.7版本。PHYLIP包含了35个程序，这些程序基本上囊括了系统发生分析方面的所有方面，并且可以在很多平台上运行。包括分子程序组、距离程序组、基因频率组、连续字符组、不连续字符组和进化树绘制组。
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